1209 erfolgte die Besiedlung von Pfaffroda. Auf einem Felsvorsprung wird zunächst ein festes Haus errichtet. Erst 1352, als das Rittergeschlecht derer von Schönberg das Anwesen übernahm, wurde es zur Burg und 1575 zum Schloss ausgebaut. 1643 wird im Verlauf des Dreißigjährigen Krieges das Schloss, die Kirche und ein großer Teil von Pfaffroda niedergebrannt.
Die gegenwärtigen Bauten stammen aus dem 17. Jahrhundert. Von 1879 - 1936 lebte der Heimatforscher und Schriftsteller Alfons Diener von Schönberg, Sohn von Sara von Schönberg und dem Kammersänger Franz Diener, im Schloss Pfaffroda. Seit Kriegsende ist die wertvolle Waffensammlung (Rüstkammer) sowie das Inventar der Familie von Schönberg verschollen. 1945/46 richtet das Deutsche Rote Kreuz im Schloss ein Flüchtlingslager ein. Ab 1947 wird es als Feierabendheim/Seniorenheim genutzt.
Seit dem Jahr 2017 befindet sich das Schloss wieder im Besitz der Familie Diener von Schönberg.
