In der ständigen Ausstellung dokumentiert die Naturkundeabteilung Zusammenhänge von Geologie (u.a. Exponate Steinkohlebecken Olbernhau-Brandau), Erzgebirgswald (Holzordnung des Kurfürsten von 1560) und Fauna und Flora unserer heutigen Umwelt in Lebensräumen.
Die Naturkundeabteilung befindet sich im Erdgeschoss, in einem Raum mit schönem Kreuzgewölbe und wohlgeformten Säulen.
